Skip to main content

Table 2 Clinical data summary

From: BreastMark: An Integrated Approach to Mining Publicly Available Transcriptomic Datasets Relating to Breast Cancer Outcome

GEO ID

Median

age

Median

size (cm)

Lymph node status

Chemo-therapy info.

Hormone treatment info.

ER status

HER2 status

PR status

Tumour grade (1/2/3)

DFS (months)

DDFS (months)

OS (months)

GSE7849

55 ± 12

2.3 ± 1.1

A

A

A

A

NA

A

2/30/34

81 ± 40

NA

NA

GSE3143

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

51 ± 31

NA

A

GSE12276

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

26 ± 22

NA

NA

GSE22219

55 ± 11

2.6 ± 1.4

A

NA

NA

A

NA

NA

41/87/63

94 ± 38

NA

NA

GSE10510

59 ± 12

NA

A

NA

NA

A

NA

A

NA

57 ± 53

NA

87 ± 60

NKI295, (Chang et al., 2005)

44 ± 5

2.25 ± 0.9

A

A

NA

A

NA

NA

NA

84 ± 50

NA

94 ± 47

Chin et al., 2006

55 ± 15

2.7 ± 1.4

A

A

A

A

A

A

10/42/61

NA

69 ± 48

NA

GSE9893

67 ± 10

2.3 ± 0.9

A

NA

A

A

NA

NA

21/94/33

65 ± 32

66 ± 31

72 ± 29

GSE7390

46 ± 7

2.2 ± 0.8

NA

NA

NA

A

NA

NA

30/83/83

113 ± 68

114 ± 65

138 ± 61

GSE16391

62 ± 8

NA

A

A

A

A

A

A

NA

35 ± 15

NA

NA

GSE25055

49 ± 10

NA

A

A

A

A

A

A

32/180/259

NA

36 ± 20

NA

GSE24450

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

72 ± 27

GSE1992

55 ± 15

NA

A

NA

NA

A

NA

NA

8/34/57

25 ± 23

NA

29 ± 25

GSE20685

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

88 ± 43

94 ± 38

Kok et al., 2009

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

15 ± 17

NA

NA

GSE9195

64 ± 9

2.4 ± 0.96

A

NA

A

A

NA

A

14/20/24

95 ± 30

97 ± 28

NA

GSE6532

59 ± 13

2.2 ± 0.9

A

NA

A

A

NA

A

38/71/24

71 ± 42

71 ± 42

NA

GSE1378, GSE1379

67 ± 9

2.3 ± 1.1

A

NA

NA

A

A

A

3/39/18

87 ± 46

NA

NA

GSE3494

62 ± 13

2.3 ± 1.25

A

NA

NA

A

NA

A

67/128/54

NA

NA

98 ± 46

GSE45255

55 ± 12

2.9 ± 1.3

A

A

A

A

A

A

17/52/67

48 ± 22

51 ± 25

54 ± 21

GSE1456

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

NA

28/58/61

72 ± 29

NA

77 ± 23

GSE21653

54 ± 14

NA

A

NA

NA

A

A

A

45/89/125

60 ± 41

NA

NA

GSE17907

50 ± 14

NA

A

NA

NA

A

A

A

3/10/34

39 ± 29

NA

NA

GSE11121

NA

2 ± 0.99

A

NA

NA

NA

NA

NA

29/136/35

NA

94 ± 51

NA

GSE2034

NA

NA

A

NA

NA

A

NA

NA

NA

78 ± 42

NA

NA

GSE12093

NA

NA

A

A

A

A

NA

NA

NA

92 ± 38

NA

NA

  1. A, available; ER, estrogen receptor; HER2, human epidermal growth factor receptor 2' PR, progesterone receptor; DFS, disease free survival; DDFS, distant disease free survival; NA, not available; OS, overall survival; tumour grade (1/2/3), 1 refers to number of grade 1 tumours, 2 refers to the number of grade 2 tumours and 3 refers to the number of grade 3 tumours.