Skip to main content

Table 1 Significantly mutated genes based on all luminal versus basal-like breast cancers in The Cancer Genome Atlas dataset

From: New concepts in breast cancer genomics and genetics

Gene Luminal A (n = 225) Luminal B (n = 126) Basal-like (n = 93)
Number of cases LRT CT Number of cases LRT CT Number of cases LRT CT
TP53 28 0 0 39 0 0 74 0 0
PIK3CA 105 0 0 40 0 0 8 4.0 × 10−6 3.4 × 10−7
GATA3 32 0 0 19 0 0 2 NA NA
MAP3K1 30 0 0 6 1.7 × 10−8 4.7 × 10−7 0 NA NA
MLL3 19 1.5 × 10−10 1.7 × 10−11 7 NA NA 6 NA NA
CDH1 23 0 0 6 3.6 × 10−3 6.6 × 10−3 0 NA NA
MAP2K4 16 0 0 3 NA NA 0 NA NA
RUNX1 13 0 0 3 NA NA 0 NA NA
PTEN 9 4.3 × 10−9 1.3 × 10−11 6 3.7 × 10−6 1.9 × 10−7 1 NA NA
TBX3 6 1.0 × 10−6 2.7 × 10−5 6 9.4 × 10−5 1.4× 10−4 1 NA NA
PIK3R1 4 NA NA 4 NA NA 2 NA NA
AKT1 8 1.4× 10−11 3.2× 10−9 3 NA NA 0 NA NA
CBFB 5 4.2× 10−5 2.7× 10−5 2 NA NA 0 NA NA
TBL1XR1 5 2.9× 10−2 1.2× 10−3 1 NA NA 0 NA NA
NCOR1 12 3.8× 10−8 6.8× 10−9 3 NA NA 2 NA NA
CTCF 9 8.8× 10−4 3.0× 10−6 2 NA NA 1 NA NA
ZFP36L1 2 NA NA 4 1.3× 10−2 1.7× 10−2 1 NA NA
GPS2 4 1.2× 10−3 6.0× 10−3 1 NA NA 1 NA NA
SF3B1 7 1.1× 10−6 5.3× 10−5 0 NA NA 1 NA NA
CDKN1B 3 5.4× 10−3 1.9× 10−2 1 NA NA 0 NA NA
USH2A 7 NA NA 4 NA NA 10 NA NA
RPGR 2 NA NA 2 NA NA 4 NA NA
RB1 1 NA NA 4 NA NA 4 2.5× 10−2 4.8× 10−2
AFF2 3 NA NA 3 NA NA 4 NA NA
NF1 6 NA NA 5 NA NA 2 NA NA
PTPN22 1 NA NA 3 NA NA 0 NA NA
RYR2 6 NA NA 10 NA NA 2 NA NA
PTPRD 4 NA NA 5 NA NA 1 NA NA
OR6A2 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA
HIST1H2BC 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA
GPR32 3 8.9× 10−3 4.3× 10−2 1 NA NA 1 NA NA
CLEC19A 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA
CCND3 2 1.5× 10−4 1.1× 10−3 0 NA NA 0 NA NA
SEPT13 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA
DCAF4L2 1 NA NA 3 NA NA 1 NA NA
  1. CT, chemotherapy; LRT, loco-regional treatment; NA, mutations observed were not considered statistically significant.