Table 1 Genes included in the breast cancer panel sequenced by UDT-Seq

PIK3CA

S,

Y

Y

PTEN

S, G

Y

Y

BRAF

S,

Y

Y

KRAS

S,

Y

EGFR

S,

Y

Y

ALK

S,

Y

Y

Y

ERBB2

S,

Y

Y

Y

JAK2

S,

Y

PDGFRB

S,

Y

RET

S, G

Y

JAK1

S,

Y

RARA

S,

Y

TP53

S, G

CDH1

S,

GATA3

S,

CTNNA1

S,

RB1

S, G

CDKN2A

S,

Y

AKT1

S,

Y

Y

APC

S, G

PIK3R1

S,

BRCA1

S, G

Y

ERBB3

S,

JAK3

S,

Y

NOTCH1

S,

Y

MET

S, G

Y

Y

FGFR2

S,

Y

Y

ABL2

S,

BRCA2

S, G

Y

CTNNB1

S,

ERBB4

S,

Y

FGFR1

S,

Y

Y

FGFR1OP

S,

PALB2

S, G

TOP1

S,

Y

DPD

P (capecitabine/5-fluorouracil)

TPMT

P (6-mercaptopurine thioguanine)

CYP2D6

P (tamoxifen (+/-))

CYP2C9

P (warfarin)

VKORC1

P (warfarin)

CFTR

R (cystic fibrosis)

MLH1

G

MSH2

G

MSH6

G

PMS2

G

CHK2

G

ATM

G