TY - JOUR AU - Jonkers, J. AU - Berns, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Oncogene addiction: sometimes a temporary slavery JO - Cancer Cell VL - 6 ID - Jonkers2004 ER - TY - JOUR AU - Slamon, D. J. AU - Clark, G. M. AU - Wong, S. G. AU - Levin, W. J. AU - Ullrich, A. AU - McGuire, W. L. PY - 1987 DA - 1987// TI - Human breast cancer: correlation of relapse and survival with amplification of the HER-2/neu oncogene JO - Science VL - 235 UR - https://doi.org/10.1126/science.3798106 DO - 10.1126/science.3798106 ID - Slamon1987 ER - TY - JOUR AU - Paik, S. AU - Hazan, R. AU - Fisher, E. R. AU - Sass, R. E. AU - Fisher, B. AU - Redmond, C. AU - Schlessinger, J. AU - Lippman, M. E. AU - King, C. R. PY - 1990 DA - 1990// TI - Pathologic findings from the National Surgical Adjuvant Breast and Bowel Project: prognostic significance of erbB-2 protein overexpression in primary breast cancer JO - J Clin Oncol VL - 8 ID - Paik1990 ER - TY - JOUR AU - Smith, I. AU - Procter, M. AU - Gelber, R. D. AU - Guillaume, S. AU - Feyereislova, A. AU - Dowsett, M. AU - Goldhirsch, A. AU - Untch, M. AU - Mariani, G. AU - Baselga, J. AU - Kaufmann, M. AU - Cameron, D. AU - Bell, R. AU - Bergh, J. AU - Coleman, R. AU - Wardley, A. AU - Harbeck, N. AU - Lopez, R. I. AU - Mallmann, P. AU - Gelmon, K. AU - Wilcken, N. AU - Wist, E. AU - Sanchez Rovira, P. AU - Piccart-Gebhart, M. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - 2-year follow-up of trastuzumab after adjuvant chemotherapy in HER2-positive breast cancer: a randomised controlled trial JO - Lancet VL - 369 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(07)60028-2 DO - 10.1016/S0140-6736(07)60028-2 ID - Smith2007 ER - TY - JOUR AU - Romond, E. H. AU - Perez, E. A. AU - Bryant, J. AU - Suman, V. J. AU - Geyer, C. E. AU - Davidson, N. E. AU - Tan-Chiu, E. AU - Martino, S. AU - Paik, S. AU - Kaufman, P. A. AU - Swain, S. M. AU - Pisansky, T. M. AU - Fehrenbacher, L. AU - Kutteh, L. A. AU - Vogel, V. G. AU - Visscher, D. W. AU - Yothers, G. AU - Jenkins, R. B. AU - Brown, A. M. AU - Dakhil, S. R. AU - Mamounas, E. P. AU - Lingle, W. L. AU - Klein, P. M. AU - Ingle, J. N. AU - Wolmark, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Trastuzumab plus adjuvant chemotherapy for operable HER2-positive breast cancer JO - N Engl J Med VL - 353 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa052122 DO - 10.1056/NEJMoa052122 ID - Romond2005 ER - TY - JOUR AU - Baselga, J. AU - Tripathy, D. AU - Mendelsohn, J. AU - Baughman, S. AU - Benz, C. C. AU - Dantis, L. AU - Sklarin, N. T. AU - Seidman, A. D. AU - Hudis, C. A. AU - Moore, J. AU - Rosen, P. P. AU - Twaddell, T. AU - Henderson, I. C. AU - Norton, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Phase II study of weekly intravenous trastuzumab (Herceptin) in patients with HER2/neu-overexpressing metastatic breast cancer JO - Semin Oncol VL - 26 ID - Baselga1999 ER - TY - JOUR AU - Geyer, C. E. AU - Forster, J. AU - Lindquist, D. AU - Chan, S. AU - Romieu, C. G. AU - Pienkowski, T. AU - Jagiello-Gruszfeld, A. AU - Crown, J. AU - Chan, A. AU - Kaufman, B. AU - Skarlos, D. AU - Campone, M. AU - Davidson, N. AU - Berger, M. AU - Oliva, C. AU - Rubin, S. D. AU - Stein, S. AU - Cameron, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Lapatinib plus capecitabine for HER2-positive advanced breast cancer JO - N Engl J Med VL - 355 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa064320 DO - 10.1056/NEJMoa064320 ID - Geyer2006 ER - TY - JOUR AU - Wolff, A. C. AU - Hammond, M. E. AU - Schwartz, J. N. AU - Hagerty, K. L. AU - Allred, D. C. AU - Cote, R. J. AU - Dowsett, M. AU - Fitzgibbons, P. L. AU - Hanna, W. M. AU - Langer, A. AU - McShane, L. M. AU - Paik, S. AU - Pegram, M. D. AU - Perez, E. A. AU - Press, M. F. AU - Rhodes, A. AU - Sturgeon, C. AU - Taube, S. E. AU - Tubbs, R. AU - Vance, G. H. AU - Vijver, M. v. a. n. d. e. AU - Wheeler, T. M. AU - Hayes, D. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists guideline recommendations for human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer JO - J Clin Oncol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2006.09.2775 DO - 10.1200/JCO.2006.09.2775 ID - Wolff2007 ER - TY - JOUR AU - Slamon, D. J. AU - Press, M. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Alterations in the TOP2A and HER2 genes: association with adjuvant anthracycline sensitivity in human breast cancers JO - J Natl Cancer Inst VL - 101 UR - https://doi.org/10.1093/jnci/djp092 DO - 10.1093/jnci/djp092 ID - Slamon2009 ER - TY - JOUR AU - O'Malley, F. P. AU - Chia, S. AU - Tu, D. AU - Shepherd, L. E. AU - Levine, M. N. AU - Bramwell, V. H. AU - Andrulis, I. L. AU - Pritchard, K. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Topoisomerase II alpha and responsiveness of breast cancer to adjuvant chemotherapy JO - J Natl Cancer Inst VL - 101 UR - https://doi.org/10.1093/jnci/djp067 DO - 10.1093/jnci/djp067 ID - O'Malley2009 ER - TY - JOUR AU - Tanner, M. AU - Isola, J. AU - Wiklund, T. AU - Erikstein, B. AU - Kellokumpu-Lehtinen, P. AU - Malmstrom, P. AU - Wilking, N. AU - Nilsson, J. AU - Bergh, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Topoisomerase IIalpha gene amplification predicts favorable treatment response to tailored and dose-escalated anthracycline-based adjuvant chemotherapy in HER-2/neu-amplified breast cancer: Scandinavian Breast Group Trial 9401 JO - J Clin Oncol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2005.02.9264 DO - 10.1200/JCO.2005.02.9264 ID - Tanner2006 ER - TY - JOUR AU - Knoop, A. S. AU - Knudsen, H. AU - Balslev, E. AU - Rasmussen, B. B. AU - Overgaard, J. AU - Nielsen, K. V. AU - Schonau, A. AU - Gunnarsdottir, K. AU - Olsen, K. E. AU - Mouridsen, H. AU - Ejlertsen, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - retrospective analysis of topoisomerase IIa amplifications and deletions as predictive markers in primary breast cancer patients randomly assigned to cyclophosphamide, methotrexate, and fluorouracil or cyclophosphamide, epirubicin, and fluorouracil: Danish Breast Cancer Cooperative Group JO - J Clin Oncol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2005.11.007 DO - 10.1200/JCO.2005.11.007 ID - Knoop2005 ER - TY - JOUR AU - Tubbs, R. AU - Barlow, W. E. AU - Budd, G. T. AU - Swain, E. AU - Porter, P. AU - Gown, A. AU - Yeh, I. T. AU - Sledge, G. AU - Shapiro, C. AU - Ingle, J. AU - Haskell, C. AU - Albain, K. S. AU - Livingston, R. AU - Hayes, D. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Outcome of patients with early-stage breast cancer treated with doxorubicin-based adjuvant chemotherapy as a function of HER2 and TOP2A status JO - J Clin Oncol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2008.20.1566 DO - 10.1200/JCO.2008.20.1566 ID - Tubbs2009 ER - TY - STD TI - Bartlett JM, Munro AF, Dunn JA, McConkey C, Jordan S, Twelves CJ, Cameron DA, Thomas J, Campbell FM, Rea DW, Provenzano E, Caldas C, Pharoah P, Hiller L, Earl H, Poole CJ: Predictive markers of anthracycline benefit: a prospectively planned analysis of the UK National Epirubicin Adjuvant Trial (NEAT/BR9601). Lancet Oncol. 11: 266-274. 10.1016/S1470-2045(10)70006-1. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sorlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - Rijn, M. v. a. n. d. e. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. AU - Fluge, O. AU - Pergamenschikov, A. AU - Williams, C. AU - Zhu, S. X. AU - Lonning, P. E. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR AU - Sorlie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Parker, J. AU - Hastie, T. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. AU - Deng, S. AU - Johnsen, H. AU - Pesich, R. AU - Geisler, S. AU - Demeter, J. AU - Perou, C. M. AU - Lonning, P. E. AU - Brown, P. O. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Botstein, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0932692100 DO - 10.1073/pnas.0932692100 ID - Sorlie2003 ER - TY - STD TI - Staaf J, Ringner M, Vallon-Christersson J, Jonsson G, Bendahl PO, Holm K, Arason A, Gunnarsson H, Hegardt C, Agnarsson BA, Luts L, Grabau D, Ferno M, Malmstrom P, Johannsson O, Loman N, Barkardottir R, Borg A: Identification of subtypes in HER2-positive breast cancer reveals a gene signature prognostic of outcome. J Clin Oncol. ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Natrajan, R. AU - Lambros, M. B. AU - Rodriguez-Pinilla, S. M. AU - Moreno-Bueno, G. AU - Tan, D. S. AU - Marchio, C. AU - Vatcheva, R. AU - Rayter, S. AU - Mahler-Araujo, B. AU - Fulford, L. G. AU - Hungermann, D. AU - Mackay, A. AU - Grigoriadis, A. AU - Fenwick, K. AU - Tamber, N. AU - Hardisson, D. AU - Tutt, A. AU - Palacios, J. AU - Lord, C. J. AU - Buerger, H. AU - Ashworth, A. AU - Reis-Filho, J. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Tiling Path Genomic Profiling of Grade 3 Invasive Ductal Breast Cancers JO - Clin Cancer Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-08-1878 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-08-1878 ID - Natrajan2009 ER - TY - JOUR AU - Marchio, C. AU - Natrajan, R. AU - Shiu, K. AU - Lambros, M. AU - Rodriguez-Pinilla, S. AU - Tan, D. AU - Lord, C. AU - Hungermann, D. AU - Fenwick, K. AU - Tamber, N. AU - Mackay, A. AU - Palacios, J. AU - Sapino, A. AU - Buerger, H. AU - Ashworth, A. AU - Reis-Filho, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genomic profile of HER2-amplified breast cancers: the influence of ER status JO - J Pathol VL - 216 UR - https://doi.org/10.1002/path.2423 DO - 10.1002/path.2423 ID - Marchio2008 ER - TY - JOUR AU - Arriola, E. AU - Marchio, C. AU - Tan, D. S. AU - Drury, S. C. AU - Lambros, M. B. AU - Natrajan, R. AU - Rodriguez-Pinilla, S. M. AU - Mackay, A. AU - Tamber, N. AU - Fenwick, K. AU - Jones, C. AU - Dowsett, M. AU - Ashworth, A. AU - Reis-Filho, J. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic analysis of the HER2/TOP2A amplicon in breast cancer and breast cancer cell lines JO - Lab Invest VL - 88 UR - https://doi.org/10.1038/labinvest.2008.19 DO - 10.1038/labinvest.2008.19 ID - Arriola2008 ER - TY - JOUR AU - Staaf, J. AU - Torngren, T. AU - Rambech, E. AU - Johansson, U. AU - Persson, C. AU - Sellberg, G. AU - Tellhed, L. AU - Nilbert, M. AU - Borg, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Detection and precise mapping of germline rearrangements in BRCA1, BRCA2, MSH2, and MLH1 using zoom-in array comparative genomic hybridization (aCGH) JO - Hum Mutat VL - 29 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20678 DO - 10.1002/humu.20678 ID - Staaf2008 ER - TY - JOUR AU - Honeth, G. AU - Bendahl, P. O. AU - Ringner, M. AU - Saal, L. H. AU - Gruvberger-Saal, S. K. AU - Lovgren, K. AU - Grabau, D. AU - Ferno, M. AU - Borg, A. AU - Hegardt, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - The CD44+/CD24- phenotype is enriched in basal-like breast tumors JO - Breast Cancer Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2108 DO - 10.1186/bcr2108 ID - Honeth2008 ER - TY - STD TI - SCIBLU Genomics, Lund University, Sweden. [http://www.lth.se/sciblu] UR - http://www.lth.se/sciblu ID - ref23 ER - TY - STD TI - UCSC Genome Browser. [http://genome.ucsc.edu/] UR - http://genome.ucsc.edu/ ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Jonsson, G. AU - Staaf, J. AU - Olsson, E. AU - Heidenblad, M. AU - Vallon-Christersson, J. AU - Osoegawa, K. AU - de Jong, P. AU - Oredsson, S. AU - Ringner, M. AU - Hoglund, M. AU - Borg, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution genomic profiles of breast cancer cell lines assessed by tiling BAC array comparative genomic hybridization JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 46 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20438 DO - 10.1002/gcc.20438 ID - Jonsson2007 ER - TY - JOUR AU - Staaf, J. AU - Jonsson, G. AU - Ringner, M. AU - Vallon-Christersson, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Normalization of array-CGH data: influence of copy number imbalances JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-382 DO - 10.1186/1471-2164-8-382 ID - Staaf2007 ER - TY - JOUR AU - Venkatraman, E. S. AU - Olshen, A. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - A faster circular binary segmentation algorithm for the analysis of array CGH data JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl646 DO - 10.1093/bioinformatics/btl646 ID - Venkatraman2007 ER - TY - STD TI - Omnibus GE: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Beroukhim, R. AU - Getz, G. AU - Nghiemphu, L. AU - Barretina, J. AU - Hsueh, T. AU - Linhart, D. AU - Vivanco, I. AU - Lee, J. C. AU - Huang, J. H. AU - Alexander, S. AU - Du, J. AU - Kau, T. AU - Thomas, R. K. AU - Shah, K. AU - Soto, H. AU - Perner, S. AU - Prensner, J. AU - Debiasi, R. M. AU - Demichelis, F. AU - Hatton, C. AU - Rubin, M. A. AU - Garraway, L. A. AU - Nelson, S. F. AU - Liau, L. AU - Mischel, P. S. AU - Cloughesy, T. F. AU - Meyerson, M. AU - Golub, T. A. AU - Lander, E. S. AU - Mellinghoff, I. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Assessing the significance of chromosomal aberrations in cancer: methodology and application to glioma JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0710052104 DO - 10.1073/pnas.0710052104 ID - Beroukhim2007 ER - TY - JOUR AU - Hicks, J. AU - Krasnitz, A. AU - Lakshmi, B. AU - Navin, N. E. AU - Riggs, M. AU - Leibu, E. AU - Esposito, D. AU - Alexander, J. AU - Troge, J. AU - Grubor, V. AU - Yoon, S. AU - Wigler, M. AU - Ye, K. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Naume, B. AU - Schlicting, E. AU - Norton, L. AU - Hagerstrom, T. AU - Skoog, L. AU - Auer, G. AU - Maner, S. AU - Lundin, P. AU - Zetterberg, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Novel patterns of genome rearrangement and their association with survival in breast cancer JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5460106 DO - 10.1101/gr.5460106 ID - Hicks2006 ER - TY - JOUR AU - Chin, K. AU - DeVries, S. AU - Fridlyand, J. AU - Spellman, P. T. AU - Roydasgupta, R. AU - Kuo, W. L. AU - Lapuk, A. AU - Neve, R. M. AU - Qian, Z. AU - Ryder, T. AU - Chen, F. AU - Feiler, H. AU - Tokuyasu, T. AU - Kingsley, C. AU - Dairkee, S. AU - Meng, Z. AU - Chew, K. AU - Pinkel, D. AU - Jain, A. AU - Ljung, B. M. AU - Esserman, L. AU - Albertson, D. G. AU - Waldman, F. M. AU - Gray, J. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomic and transcriptional aberrations linked to breast cancer pathophysiologies JO - Cancer Cell VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2006.10.009 DO - 10.1016/j.ccr.2006.10.009 ID - Chin2006 ER - TY - JOUR AU - Fridlyand, J. AU - Snijders, A. M. AU - Ylstra, B. AU - Li, H. AU - Olshen, A. AU - Segraves, R. AU - Dairkee, S. AU - Tokuyasu, T. AU - Ljung, B. M. AU - Jain, A. N. AU - McLennan, J. AU - Ziegler, J. AU - Chin, K. AU - Devries, S. AU - Feiler, H. AU - Gray, J. W. AU - Waldman, F. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Breast tumor copy number aberration phenotypes and genomic instability JO - BMC Cancer VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-6-96 DO - 10.1186/1471-2407-6-96 ID - Fridlyand2006 ER - TY - JOUR AU - Adelaide, J. AU - Finetti, P. AU - Bekhouche, I. AU - Repellini, L. AU - Geneix, J. AU - Sircoulomb, F. AU - Charafe-Jauffret, E. AU - Cervera, N. AU - Desplans, J. AU - Parzy, D. AU - Schoenmakers, E. AU - Viens, P. AU - Jacquemier, J. AU - Birnbaum, D. AU - Bertucci, F. AU - Chaffanet, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Integrated profiling of basal and luminal breast cancers JO - Cancer Res VL - 67 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-07-2536 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-07-2536 ID - Adelaide2007 ER - TY - CHAP AU - Gunnarsson, R. AU - Staaf, J. AU - Jansson, M. AU - Ottesen, A. M. AU - Goransson, H. AU - Liljedahl, U. AU - Ralfkiaer, U. AU - Mansouri, M. AU - Buhl, A. M. AU - Smedby, K. E. AU - Hjalgrim, H. AU - Syvanen, A. C. AU - Borg, A. AU - Isaksson, A. AU - Jurlander, J. AU - Juliusson, G. AU - Rosenquist, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Screening for copy-number alterations and loss of heterozygosity in chronic lymphocytic leukemia-A comparative study of four differently designed, high resolution microarray platforms BT - Genes Chromosomes Cancer ID - Gunnarsson2008 ER - TY - STD TI - The R Project for Statistical Computing. [http://www.r-project.org] UR - http://www.r-project.org ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Ivshina, A. V. AU - George, J. AU - Senko, O. AU - Mow, B. AU - Putti, T. C. AU - Smeds, J. AU - Lindahl, T. AU - Pawitan, Y. AU - Hall, P. AU - Nordgren, H. AU - Wong, J. E. AU - Liu, E. T. AU - Bergh, J. AU - Kuznetsov, V. A. AU - Miller, L. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genetic reclassification of histologic grade delineates new clinical subtypes of breast cancer JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-05-4414 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-05-4414 ID - Ivshina2006 ER - TY - JOUR AU - Arriola, E. AU - Rodriguez-Pinilla, S. M. AU - Lambros, M. B. AU - Jones, R. L. AU - James, M. AU - Savage, K. AU - Smith, I. E. AU - Dowsett, M. AU - Reis-Filho, J. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Topoisomerase II alpha amplification may predict benefit from adjuvant anthracyclines in HER2 positive early breast cancer JO - Breast Cancer Res Treat VL - 106 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-006-9492-5 DO - 10.1007/s10549-006-9492-5 ID - Arriola2007 ER - TY - JOUR AU - Haverty, P. M. AU - Fridlyand, J. AU - Li, L. AU - Getz, G. AU - Beroukhim, R. AU - Lohr, S. AU - Wu, T. D. AU - Cavet, G. AU - Zhang, Z. AU - Chant, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-resolution genomic and expression analyses of copy number alterations in breast tumors JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 47 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20558 DO - 10.1002/gcc.20558 ID - Haverty2008 ER - TY - JOUR AU - Si, M. L. AU - Zhu, S. AU - Wu, H. AU - Lu, Z. AU - Wu, F. AU - Mo, Y. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - miR-21-mediated tumor growth JO - Oncogene VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1210083 DO - 10.1038/sj.onc.1210083 ID - Si2007 ER - TY - JOUR AU - Hu, X. AU - Stern, H. M. AU - Ge, L. AU - O'Brien, C. AU - Haydu, L. AU - Honchell, C. D. AU - Haverty, P. M. AU - Peters, B. A. AU - Wu, T. D. AU - Amler, L. C. AU - Chant, J. AU - Stokoe, D. AU - Lackner, M. R. AU - Cavet, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genetic alterations and oncogenic pathways associated with breast cancer subtypes JO - Mol Cancer Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-08-0107 DO - 10.1158/1541-7786.MCR-08-0107 ID - Hu2009 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Fan, C. AU - Oh, D. S. AU - Marron, J. S. AU - He, X. AU - Qaqish, B. F. AU - Livasy, C. AU - Carey, L. A. AU - Reynolds, E. AU - Dressler, L. AU - Nobel, A. AU - Parker, J. AU - Ewend, M. G. AU - Sawyer, L. R. AU - Wu, J. AU - Liu, Y. AU - Nanda, R. AU - Tretiakova, M. AU - Ruiz Orrico, A. AU - Dreher, D. AU - Palazzo, J. P. AU - Perreard, L. AU - Nelson, E. AU - Mone, M. AU - Hansen, H. AU - Mullins, M. AU - Quackenbush, J. F. AU - Ellis, M. J. AU - Olopade, O. I. AU - Bernard, P. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular portraits of breast tumors are conserved across microarray platforms JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-96 DO - 10.1186/1471-2164-7-96 ID - Hu2006 ER - TY - JOUR AU - Desmedt, C. AU - Haibe-Kains, B. AU - Wirapati, P. AU - Buyse, M. AU - Larsimont, D. AU - Bontempi, G. AU - Delorenzi, M. AU - Piccart, M. AU - Sotiriou, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Biological processes associated with breast cancer clinical outcome depend on the molecular subtypes JO - Clin Cancer Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-07-4756 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-07-4756 ID - Desmedt2008 ER - TY - JOUR AU - Hennessy, B. T. AU - Gonzalez-Angulo, A. M. AU - Stemke-Hale, K. AU - Gilcrease, M. Z. AU - Krishnamurthy, S. AU - Lee, J. S. AU - Fridlyand, J. AU - Sahin, A. AU - Agarwal, R. AU - Joy, C. AU - Liu, W. AU - Stivers, D. AU - Baggerly, K. AU - Carey, M. AU - Lluch, A. AU - Monteagudo, C. AU - He, X. AU - Weigman, V. AU - Fan, C. AU - Palazzo, J. AU - Hortobagyi, G. N. AU - Nolden, L. K. AU - Wang, N. J. AU - Valero, V. AU - Gray, J. W. AU - Perou, C. M. AU - Mills, G. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Characterization of a naturally occurring breast cancer subset enriched in epithelial-to-mesenchymal transition and stem cell characteristics JO - Cancer Res VL - 69 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-08-3441 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-08-3441 ID - Hennessy2009 ER - TY - JOUR AU - Parker, J. S. AU - Mullins, M. AU - Cheang, M. C. AU - Leung, S. AU - Voduc, D. AU - Vickery, T. AU - Davies, S. AU - Fauron, C. AU - He, X. AU - Hu, Z. AU - Quackenbush, J. F. AU - Stijleman, I. J. AU - Palazzo, J. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. B. AU - Mardis, E. AU - Nielsen, T. O. AU - Ellis, M. J. AU - Perou, C. M. AU - Bernard, P. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes JO - J Clin Oncol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2008.18.1370 DO - 10.1200/JCO.2008.18.1370 ID - Parker2009 ER - TY - JOUR AU - Kauraniemi, P. AU - Kuukasjarvi, T. AU - Sauter, G. AU - Kallioniemi, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Amplification of a 280-kilobase core region at the ERBB2 locus leads to activation of two hypothetical proteins in breast cancer JO - Am J Pathol VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63556-0 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63556-0 ID - Kauraniemi2003 ER - TY - JOUR AU - Bai, T. AU - Luoh, S. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - GRB-7 facilitates HER-2/Neu-mediated signal transduction and tumor formation JO - Carcinogenesis VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/carcin/bgm221 DO - 10.1093/carcin/bgm221 ID - Bai2008 ER - TY - JOUR AU - Kao, J. AU - Pollack, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNA interference-based functional dissection of the 17q12 amplicon in breast cancer reveals contribution of coamplified genes JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 45 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20339 DO - 10.1002/gcc.20339 ID - Kao2006 ER - TY - JOUR AU - Han, D. C. AU - Guan, J. L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Association of focal adhesion kinase with Grb7 and its role in cell migration JO - J Biol Chem VL - 274 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.274.34.24425 DO - 10.1074/jbc.274.34.24425 ID - Han1999 ER - TY - JOUR AU - Janes, P. W. AU - Lackmann, M. AU - Church, W. B. AU - Sanderson, G. M. AU - Sutherland, R. L. AU - Daly, R. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Structural determinants of the interaction between the erbB2 receptor and the Src homology 2 domain of Grb7 JO - J Biol Chem VL - 272 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.272.13.8490 DO - 10.1074/jbc.272.13.8490 ID - Janes1997 ER - TY - JOUR AU - Bempt, I. V. a. n. d. e. n. AU - Van Loo, P. AU - Drijkoningen, M. AU - Neven, P. AU - Smeets, A. AU - Christiaens, M. R. AU - Paridaens, R. AU - De Wolf-Peeters, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Polysomy 17 in breast cancer: clinicopathologic significance and impact on HER-2 testing JO - J Clin Oncol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2007.13.4296 DO - 10.1200/JCO.2007.13.4296 ID - Bempt2008 ER - TY - JOUR AU - Downs-Kelly, E. AU - Yoder, B. J. AU - Stoler, M. AU - Tubbs, R. R. AU - Skacel, M. AU - Grogan, T. AU - Roche, P. AU - Hicks, D. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - The influence of polysomy 17 on HER2 gene and protein expression in adenocarcinoma of the breast: a fluorescent in situ hybridization, immunohistochemical, and isotopic mRNA in situ hybridization study JO - Am J Surg Pathol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1097/01.pas.0000165528.78945.95 DO - 10.1097/01.pas.0000165528.78945.95 ID - Downs-Kelly2005 ER - TY - JOUR AU - Dal Lago, L. AU - Durbecq, V. AU - Desmedt, C. AU - Salgado, R. AU - Verjat, T. AU - Lespagnard, L. AU - Ma, Y. AU - Veys, I. AU - Di Leo, A. AU - Sotiriou, C. AU - Piccart, M. AU - Larsimont, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Correction for chromosome-17 is critical for the determination of true Her-2/neu gene amplification status in breast cancer JO - Mol Cancer Ther VL - 5 UR - https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-06-0129 DO - 10.1158/1535-7163.MCT-06-0129 ID - Dal Lago2006 ER - TY - JOUR AU - Marchio, C. AU - Lambros, M. B. AU - Gugliotta, P. AU - Di Cantogno, L. V. AU - Botta, C. AU - Pasini, B. AU - Tan, D. S. AU - Mackay, A. AU - Fenwick, K. AU - Tamber, N. AU - Bussolati, G. AU - Ashworth, A. AU - Reis-Filho, J. S. AU - Sapino, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Does chromosome 17 centromere copy number predict polysomy in breast cancer? A fluorescence in situ hybridization and microarray-based CGH analysis JO - J Pathol VL - 219 UR - https://doi.org/10.1002/path.2574 DO - 10.1002/path.2574 ID - Marchio2009 ER - TY - CHAP AU - Moelans, C. B. AU - de Weger, R. A. AU - van Diest, P. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Absence of chromosome 17 polysomy in breast cancer: analysis by CEP17 chromogenic in situ hybridization and multiplex ligation-dependent probe amplification BT - Breast Cancer Res Treat ID - Moelans2009 ER - TY - JOUR AU - Yeh, I. T. AU - Martin, M. A. AU - Robetorye, R. S. AU - Bolla, A. R. AU - McCaskill, C. AU - Shah, R. K. AU - Gorre, M. E. AU - Mohammed, M. S. AU - Gunn, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Clinical validation of an array CGH test for HER2 status in breast cancer reveals that polysomy 17 is a rare event JO - Mod Pathol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.2009.78 DO - 10.1038/modpathol.2009.78 ID - Yeh2009 ER - TY - JOUR AU - Jacobson, K. K. AU - Morrison, L. E. AU - Henderson, B. T. AU - Blondin, B. A. AU - Wilber, K. A. AU - Legator, M. S. AU - O'Hare, A. AU - Van Stedum, S. C. AU - Proffitt, J. H. AU - Seelig, S. A. AU - Coon, J. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Gene copy mapping of the ERBB2/TOP2A region in breast cancer JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 40 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20019 DO - 10.1002/gcc.20019 ID - Jacobson2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. C. PY - 1996 DA - 1996// TI - DNA topoisomerases JO - Annu Rev Biochem VL - 65 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.bi.65.070196.003223 DO - 10.1146/annurev.bi.65.070196.003223 ID - Wang1996 ER - TY - JOUR AU - Mueller, R. E. AU - Parkes, R. K. AU - Andrulis, I. AU - O'Malley, F. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Amplification of the TOP2A gene does not predict high levels of topoisomerase II alpha protein in human breast tumor samples JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 39 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20008 DO - 10.1002/gcc.20008 ID - Mueller2004 ER - TY - JOUR AU - Ewers, S. B. AU - Attewell, R. AU - Baldetorp, B. AU - Borg, A. AU - Ferno, M. AU - Langstrom, E. AU - Killander, D. PY - 1992 DA - 1992// TI - Prognostic significance of flow cytometric DNA analysis and estrogen receptor content in breast carcinomas--a 10 year survival study JO - Breast Cancer Res Treat VL - 24 UR - https://doi.org/10.1007/BF01961244 DO - 10.1007/BF01961244 ID - Ewers1992 ER - TY - JOUR AU - Rennstam, K. AU - Ahlstedt-Soini, M. AU - Baldetorp, B. AU - Bendahl, P. O. AU - Borg, A. AU - Karhu, R. AU - Tanner, M. AU - Tirkkonen, M. AU - Isola, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Patterns of chromosomal imbalances defines subgroups of breast cancer with distinct clinical features and prognosis. A study of 305 tumors by comparative genomic hybridization JO - Cancer Res VL - 63 ID - Rennstam2003 ER - TY - JOUR AU - Bergamaschi, A. AU - Kim, Y. H. AU - Wang, P. AU - Sorlie, T. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Lonning, P. E. AU - Tibshirani, R. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Pollack, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Distinct patterns of DNA copy number alteration are associated with different clinicopathological features and gene-expression subtypes of breast cancer JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 45 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20366 DO - 10.1002/gcc.20366 ID - Bergamaschi2006 ER - TY - JOUR AU - Natrajan, R. AU - Weigelt, B. AU - Mackay, A. AU - Geyer, F. C. AU - Grigoriadis, A. AU - Tan, D. S. AU - Jones, C. AU - Lord, C. J. AU - Vatcheva, R. AU - Rodriguez-Pinilla, S. M. AU - Palacios, J. AU - Ashworth, A. AU - Reis-Filho, J. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - An integrative genomic and transcriptomic analysis reveals molecular pathways and networks regulated by copy number aberrations in basal-like, HER2 and luminal cancers JO - Breast Cancer Res Treat VL - 121 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-009-0501-3 DO - 10.1007/s10549-009-0501-3 ID - Natrajan2010 ER - TY - JOUR AU - Chin, S. F. AU - Teschendorff, A. E. AU - Marioni, J. C. AU - Wang, Y. AU - Barbosa-Morais, N. L. AU - Thorne, N. P. AU - Costa, J. L. AU - Pinder, S. E. AU - Wiel, M. A. v. a. n. d. e. AU - Green, A. R. AU - Ellis, I. O. AU - Porter, P. L. AU - Tavare, S. AU - Brenton, J. D. AU - Ylstra, B. AU - Caldas, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution aCGH and expression profiling identifies a novel genomic subtype of ER negative breast cancer JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-10-r215 DO - 10.1186/gb-2007-8-10-r215 ID - Chin2007 ER - TY - JOUR AU - Melchor, L. AU - Honrado, E. AU - Huang, J. AU - Alvarez, S. AU - Naylor, T. L. AU - Garcia, M. J. AU - Osorio, A. AU - Blesa, D. AU - Stratton, M. R. AU - Weber, B. L. AU - Cigudosa, J. C. AU - Rahman, N. AU - Nathanson, K. L. AU - Benitez, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Estrogen receptor status could modulate the genomic pattern in familial and sporadic breast cancer JO - Clin Cancer Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-07-0711 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-07-0711 ID - Melchor2007 ER - TY - JOUR AU - Teschendorff, A. E. AU - Miremadi, A. AU - Pinder, S. E. AU - Ellis, I. O. AU - Caldas, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - An immune response gene expression module identifies a good prognosis subtype in estrogen receptor negative breast cancer JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-8-r157 DO - 10.1186/gb-2007-8-8-r157 ID - Teschendorff2007 ER - TY - JOUR AU - Farmer, P. AU - Bonnefoi, H. AU - Becette, V. AU - Tubiana-Hulin, M. AU - Fumoleau, P. AU - Larsimont, D. AU - Macgrogan, G. AU - Bergh, J. AU - Cameron, D. AU - Goldstein, D. AU - Duss, S. AU - Nicoulaz, A. L. AU - Brisken, C. AU - Fiche, M. AU - Delorenzi, M. AU - Iggo, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of molecular apocrine breast tumours by microarray analysis JO - Oncogene VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1208561 DO - 10.1038/sj.onc.1208561 ID - Farmer2005 ER - TY - JOUR AU - Bender, L. M. AU - Nahta, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Her2 cross talk and therapeutic resistance in breast cancer JO - Front Biosci VL - 13 UR - https://doi.org/10.2741/2978 DO - 10.2741/2978 ID - Bender2008 ER - TY - JOUR AU - Osborne, C. K. AU - Shou, J. AU - Massarweh, S. AU - Schiff, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Crosstalk between estrogen receptor and growth factor receptor pathways as a cause for endocrine therapy resistance in breast cancer JO - Clin Cancer Res VL - 11 ID - Osborne2005 ER - TY - JOUR AU - Wirapati, P. AU - Sotiriou, C. AU - Kunkel, S. AU - Farmer, P. AU - Pradervand, S. AU - Haibe-Kains, B. AU - Desmedt, C. AU - Ignatiadis, M. AU - Sengstag, T. AU - Schutz, F. AU - Goldstein, D. R. AU - Piccart, M. AU - Delorenzi, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Meta-analysis of gene expression profiles in breast cancer: toward a unified understanding of breast cancer subtyping and prognosis signatures JO - Breast Cancer Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2124 DO - 10.1186/bcr2124 ID - Wirapati2008 ER -